TURBOMOLE 6.3

Disposem de l'última versió del programa de càlcul electrònic Turbomole 6.3 (només grup dynamics).

No disposem del codi font d'aquest programa, només dels executables que han creat els programadors. De tota manera, aquests executables haurien de córrer sense problemes en màquines de 32 bits i de 64 bits, tant AMD com Intel.

Haureu de carregar a SCOTT/SPOCK el mòdul turbomole6.3. El programa reconeix si es troba a qualsevol de les dues màquines si s'ha d'executar en 32 o 64 bits automàticament.

Turbomole és un programa modular que necessita d'una lectura atenta del manual per tal d'entendre com funciona. El primer pas es generar l'input, anomenat control gràcies al mòdul define i després executar els altres mòduls que serien pròpiament els càlculs per córrer en els nodes. La crida dels diferents mòduls successius s'ha simplificat amb la comanda jobex. Trobareu més informació al manual disponible a harry (manual d'usuari, només accessible per a IPs de Química Física).

Turbomole en paral·lel pot funcionar bé com a SMP o bé com a MPI. Perquè el sistema reconegui el tipus de càlcul que voleu fer heu d'especificar la variable:

export PARA_ARCH= i pot ser igual a SMP o MPI

SMP significa que pot córrer en múltiples nodes d'un mateix core (com fa el Gaussian, per exemple), mentre que MPI permet calcular en diferents cores de diferents nodes (CHARMM seria un exemple). Per tant, per a càlculs més costosos on calguin més nodes s'hauria de fer servir MPI.

A continuació, trobareu dos arxius patrons tipus script.pbs, un per enviar un càlcul SMP i l'altre MPI. En aquests scripts, fem que a l'ouput ens aparegui el nom del directori temporal on va tota la informació que genera el càlcul i, a més, a quins borgs s'ha executat aquest càlcul. Això és útil per anar a cercar la informació al node un cop el càlcul hagi acabat, de totes formes, podeu modificar l

Per altra banda, cal tenir present que en aquest cas, per exemple, l'execució es fa amb les comandes: nohup jobex -ri -np 8, les diferents opcions nohup jobex depenen clarament del tipus de càlcul. El nohup vol dir que la comanda no s'hauria de veure afectada per hangups, logouts o quits (important especialment si s'usa en interactiu), ri vol dir que s'usa la fast Coulomb approximation en el càlcul DFT o MP2 i, finalment, np per especificar el número de cores.

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015