Programari d'Schröodinger

Nota important

L'última versió del programari Schrödinger no conté XCLUSTER. Sense previ avís han decidit no donar-hi suport. Ara s'usa el Conformer Clusteri Script que podeu seleccionar amb Maestro. Tenim una llicència actual temporal per a usar aquest programa (dins el paquet CANVAS). Ara bé, a SCOTT hi ha la versió 2009 del Suite Schrodinger que encara manté XCLUSTER i funciona perfectament

El paquet de programes Schröodinger consisteix, bàsicament, en els programes Jaguar i Macromodel. Sense oblidar la importància del visualitzador Maestro que serveix com a interfaç gràfica d'aquests dos programes.

IMPORTANT. Només poden haver-hi tres càlculs Jaguar a la vegada a tot el clúster, tot i que poden córrer en diferents processadors. Amb el Macromodel passa el mateix, només tres càlculs, però, a més, sense córrer en paral·lel.

Si voleu usar qualsevol d'aquests programes el mòdul que heu de carregar és:

module load schrodinger

Així podreu emprar el visualitzador maestro a SPOCK//SCOTT. La comanda a emprar és maestro.

Jaguar

El programa Jaguar és un paquet de càlcul electrònic semblant al Gaussian formalment i en capacitats. És especialment aconsellable per a càlculs DFT destacant, sobretot, que pot optimitzar en dissolvent a una velocitat sorpenent. La pega és que només disposem dels binaris, no del codi font, i desconeixem amb exactitut quin és el model exacte de dissolvent que s'usa i fa capaç al programa d'aquestes optimitzacions tan ràpides.

Per emprar Jaguar al clúster podeu usar l'script jaguar.pl. S'usa igual que tots els scrips tipus .pl del clúster:

jaguar.pl -q nom_cua -n nzm_procs input.inp ./output.out

No cal especificar l'arquitectura (32 o 64 bits), el programa agafa, per defecte, l'arquitectura del node on es posi a treballar.

Per altra banda, cal remarcar que hem adquirit la llicència de Jaguar sense el mòdul pKa.

Macromodel

L'altre programa bàsic del que consiseix la suite d'Schröodinger és el programa Macromodel, un paquet molt utilitzat per a càlculs de Mecànica Molecular (MM). Conté diferents camps de forces (MMFF, AMBER, OPLSS, etc.) i permet fer optimitzacions, dinàmiques i cerques conformacionals entre d'altres amb aquests camps de forces. El seu ús està lligat al visualitzador Maestro que permet realitzar els inputs de Macromodel amb relativa facilitat, així com analitzar el resultat.

Els càlculs de MM poden ser prou curts per realitzar-los en interactiu a SPOCK//SCOTT des de el programa Maestro. De totes maneres, també es poden enviar els treballs Macromodel a les cues i aquesta és l'opció més recomanable. Per fer-ho, existeix l'script mm.sh:

mm.sh input(sense extensió) nom_cua

De la mateixa manera, una de les opcions més útils de Macromodel és la possibilitat de "clusteritzar". Consisteix en unir els diferents confòrmers en famílies segons diferents criteris. També es tracta d'un càlcul ràpid en principi però que pot ser més car i durar més. Per solucionar així, també és pot emprar un script anomenat cluster.sh:

cluster.sh input(sense extensió) nom_cua

Enllaços

La pàgina principal del programari d'Schröodinger és la següent:

http://www.schrodinger.com/

Disposem de manuals en versió pdf per a Jaguar, Macromodel, Maestro i Xcluster. Dels dos primers, tenim els manuals quick-reference i els complets. Si els voleu contacteu amb l'administrador.

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015