Q-CHEM

Q-Chem és un programa de càlcul electrònic que es pot combinar amb el programa CHARMM.

Té certes particularitats i només disposem dels executables i la llicència per als borgs76.uab.es, borgs77.uab.es, borg78.uab.es i borg79.uab.es. És a dir 4 nodes amb un total de 32 processadors.

El mòdul que s'ha de carregar perquè funcioni és:

module load QCHEM

Aquest programa requereix, malgrat carregar el mòdul, d'afegir aquestes línies al vostre .bashrc (esperem que la necessitat d'afegir aquestes línies sigui temporal).


QC=/QFsoft/QCHEM; export QC

if [ -e "$QC" /bin/qchem.setup.sh ] ; then

source"$QC"/bin/qchem.setup.sh

fi

Es pot cridar des d'SCOTT amb la comanda qchem64.pl, l'arxiu script.pbs és sumament senzill.

qchem64.pl -n 8 -q qdynamics7 input.dat ./

En aquest exemple, s'observa que no s'ha d'afegir -64 mai i, a més que la cua sempre ha de ser qdynamics7 perquè no tenim llicència per a cap altra.

Pot utilitzar-se en més d'un node (és a dir, més de 8 processadors), per ara només amb el sistema MPICH, simplement s'hauria d'afegir a l'arxiu script.pbs el module load mpich-64/pgi8.0/1.2.7p1.

Q-CHEM+CHARMM

Tot i que CHARMM pot córrer en diversos nodes i processadors amb connexió Infiniband de manera eficient, Q-CHEM, ara per ara, no pot. Per tant s'haurien de restringir els càlculs a 8 processadors dins un mateix node usant MPICH (amb OPENMPI, MPICH2 i MVAPICH2 no hem obtingut bons resultats). En casos concrets, es podria usar CHARMM amb tecnologia MPICH entre diferents nodes però no crec que sigui prou eficient.

Per casos específics com aquest, i amb la gran quantitat de variants que té el charmm, recomano els homemade scripts. A continuació, un exemple d'script.pbs que ha funcionat bé:.

Exemple charmm+qchem

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015