Gaussian09

Introducció

El Gaussian09 s'ha compilat correctament per al diferent maquinari del que disposem. Podeu fer els càlculs Gaussian09 de la mateixa manera que els Gaussian03 amb l'script g09.pl, en sèrie i en paral·lel (sempre que sigui en els diferents processadors d'una mateixa màquina).

La revisió actualment per defecte (Febrer 2012) és la C.01.

Per obtenir l'explicació més actualitzada respecte a aquesta versió aneu a la secció de notícies:

GAUSSIAN 09 C.01 a Quanta i Kirk

Podeu trobar la informació més antiga respecte la versió B.01 a Quanta al següent enllaç:

GAUSSIAN 09 B.01 a Quanta

Visualitzadors

En relació a la visualització dels outputs, la versió que tenim de Molden llegeix els outputs de Gaussian09 sense problemes. Respecte al GaussView, he pogut obrir outputs de Gaussian09 amb les versions 3.09, 4.1 i 5.0.8, però no amb la més antiga 2.07 (que de totes maneres només queda ja a SPOCK).

GV4.0 i GV5.0 no llegeixen les freqüències dels càlculs opt+freq, però sí que les llegeixen per a c àlculs de freqüències individuals.

Amb els visualitzadors en Windows, cal l'última versió de ChemCraft 1.6 (hi és a klingon.uab.es) i en principi la versió de Moldraw 2.0 també pot importar resultats Gaussian09.

Errors traduïts

A continuació, presentem un llistat d'errors típics de Gaussian 09 i la seva "traducció".

Errors de Gaussian09 i la seva explicació.

errorstraducció

Error termination in NtrErr:

ntran open failure returned to fopen.

Segmentation fault

No pot obrir un fitxer

Internal consistency error detected in FileIO for unit 1 I= 4 J=0 I Fail=1

Gaussian té una limitació en 32 bits que només permet crear fitxers de 16GB

a l'scratch.

Out-of-memory error in routine UFChkP (IEnd= 12292175 MxCore= 6291456)

Use %Mem=12MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step

Error termination via Lnk1e at Thu Feb 2 13:05:32 2006

La memòria per defecte (6MW per a $GAUSS_MEMDEF) és massa petita per a

unfchk (que permet passar de check formatat a binari).

galloc: could not allocate memory.: Resource temporarily unavailable No hi ha prou memòria
Out-of-memory error in routine... No hi ha prou memòria

End of file in GetChg

Error termination via Lnk1e ...

No hi ha prou memòria

IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00

Unable to allocate space to process matrices in G2DrvN:

NAtomX= 58 NBasis= 762 NBas6D= 762 MDV1= 6291106 MinMem= 105955841

Gaussian té 6MW de memòria lliure (veure MDVI) però li calen 106 MW per

funcionar bé (veure MinMem).

Estimate disk for full transformation -677255533 words.

Semi-Direct transformation. Bad length for file.

La variable MaxDisk que s'ha introduït és massa petita.

Error termination in NtrErr:

NtrErr Called from FileIO:

El càlcul ha excedit el nombre introduït a la variable maxcyc

Erroneous read. Read 0 instead of 6258688:

fd = 4

g_read

S'ha excedit la quota o la mida del disc, ha fallat l'NFS o bé hi ha problemes

de disc

.

Erroneous write. Write 8192 instead of 12288.:

fd = 4

orig len = 12288 left = 12288

g_write

S'ha excedit la quota o la mida del disc, ha fallat l'NFS o bé hi ha problemes

de disc

.

PGFIO/stdio: Permission denied

PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 13.

File name = /gaussian/Gau-#####.inp

In source file ml0.f, at line number 177

L'usuari no té permissos per a $GAUSS_SCRDIR

Manuals i utilitats

Els manuals en versió paper estan al meu despatx. Hi ha el manual d'usuari, el d'IOps i el de programadors. Per altra banda, com sabeu, és més còmode consultar els vostres dubtes al web, especialment la keywords list:

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/l_keywords09.htm

Vigileu amb les diferències entre Gaussian03 i Gaussian09, crec que és important remarcar que ha canviat el defecte per als càlculs en solvent. Trobareu més informació en els següents links:

http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/a_gdiffs09.htm

http://www.gaussian.com/g_prod/g09new.htm

Una utilitat important relacionada amb la memòria. Amb el programa Gaussian es pot demanar la quantitat de memòria en GB o bé en MW. Al link següent podeu trobar un conversor de MW a MB o GB.

http://deviceanalytics.com/memcalc.php

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015