Amber 11

Disposem del programa de càlcul de Mecànica Molecular Amber 11. Es tracta d'un programa modular que s'ha de fer servir en diferents mòduls i és complex d'utiltizar. Per aquesta raó, no s'han preparat scripts especials per enviar els càlculs i es deixa aquesta funció als usuaris i els seus propis scripts pbs.

Aquest programa s'ha compilat en 64 bits i amb especial atenció per a Intel 64 bits (QGETAB2, QDYNAMICS7 i TRANSMET5, a més dels borgs43, 44, 45, 46 i 47). En principi, la compilació actual només treballa en Ethernet/GB si s'ha de compartir memòria entre diferents nodes. Si s'estén l'ús en més d'un node (més de 8 processadors per a les cues anteriorment citades) el compilaria amb suport Infiniband.

Com sempre pot funcionar també en AMD64 bits però de manera menys eficient. Malauradament, la compilació per a AMD és difícil.

Atès que la compilació és de 64 bits, els diferents mòduls gràfics (xleap, per exemple) només es poden usar a SPOCK.

La informació d'aquest programa el trobareu aquí:

AMBER WEB

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015