Cua Parallel disponible. Nou software

A partir del dilluns 03/03/2008 tindreu a la vostra disposicio la cua "parallel".

L'objectiu de la cua parallel es, com el seu nom indica, calcular en parallel aprofitant les característiques de hardware (interfícies de xarxa de baixa latència tipus infiniband) existents en els nodes que passaran a formar part d'aquesta cua. Podeu utilitzar doncs de 2 fins a 16 processadors per a cada calcul, essent 16 el màxim de la cua.

El software que hi ha compilat per al funcionament en paralel utilitzant el hardware esmentat son:

Estic treballant en les compilacions en paralel per a MOLPRO ara mateix. Si necessiteu algun software, del que disposem del codi font, que creieu que seria convenient tenir en paralel digueu-m'ho i hi treballarré.

A més a més també podeu utilitzar-hi gaussian en paralel utilitzant memòria compartida (el famós %nprocs=4)

He habilitat uns scripts (g03.pl, g98.pl, nwchem.pl, cpmd.pl, etc...) per al enviament simple de calculs en parallel. També haurieu d'utilitzar aquests scripts per enviar càlculs monoprocessador (serie), aixi com calculs en paralel utilitzant hardware standard no optimitzat per a paralel.

Tingueu en compte que el repartiment de tasques que fa aquest script es una mica rigid. És a dir, és necessari que el numero de nodes sigui 2,4,6,8 i mapeja les tasques de 2 en 2 processadors. Com a exemple de la rigidesa:

Aquesta rigidesa es deguda a les limitacions del sistema de cues. Estic estudiant com fer un canvi mantenint la políticaa existent sense torbar el funcionament de les cues.

Observeu també que si utilitzeu l'script sempre demanareu un numero parell de processadors que seran allocatats de 2 a 2 en cada node. Si això no us resulta prou flexible podeu editar el fitxer "script.pbs" que es genera a l'executar l'script (nwchem.pl, cpmd.pl, g03.pl,...) i adequar-lo a les vostres necessitats o a el recursos disponibles. Us demanaria que intenteu controlar-vos en el numero de processadors.

Fer notar que l'ús de gaussian en paralel està limitat fins a 4 processadors en un mateix node, ja que s'utilitza memoria compartida. Estic estudiant la possibilitat de simular sistemes de memò compartida amb el hardware disponible tot i que és una tasca que va per llarg.

Finalment, demanar-vos que em comuniqueu qualsevol anomalia que observeu tant pel que fa als scripts com pel que fa a la cua al mail admin/*/at/*/klingon.uab.es.

Marc

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015