Gaussian 03 E.01 bug (buffer allocation failed in ntrext1)

Amb la nova instal·lació del clúster ha aparegut el que sembla ser un bug de Gaussian 03 versió E.01 que no succeïa a les antigues màquines. Només passa amb Gaussian 03.

Està relacionat amb els checkpoints, si no en necessiteu no fallarà res.

Ara bé, si indiqueu a on voleu que vagi el checkpoint amb la línia %chk=/...path../checkpoint el càlcul sempre us fallarà perquè només busca els checks al directori /scratch/../, és a dir, GAUSS_SCRDIR.

Per tant, el que hauríeu de fer és no especificar el path del checkpoint, és a dir, fer %chk=nom.chk.

Així es crearà l'arxiu checkpoint al directori GAUSS_SCRDIR. Quan acabi el càlcul podeu dir-li que us el torni a escriure al vostre directori canviant el fitxer.pbs. De la mateixa manera, si necessiteu llegir el checkpoint haureu de copiar el fitxer chk al directori /scratch de gaussian.

Veureu que per defecte fent servir l'script g03.pl us apareixerà al fitxer script.pbs:

#To use checkpoints, uncomment next line (indicate the path!) and the last one:
# cp *chk $GAUSS_SCRDIR
cd $GAUSS_SCRDIR
date > /users/sysuser/kk.qfi
cat $PBS_NODEFILE >> /users/sysuser/kk.qfi
g03 < $PBS_O_WORKDIR/kk.datB >> /users/sysuser/kk.qfi
B 2>&1
date >> /users/sysuser/kk.qfi
#cp $GAUSS_SCRDIR/*chk $PBS_O_WORKDIR/

En cas que hagueu de treballar amb checkpoints, hauríeu de descomentar aquestes línies tot indicant també el path on està el fitxer chk. La recomanació seria fer:

g03.pl -n 8 -q qdynamics7 -nosub test.dat ./
Recordeu que amb -nosub es genera el fitxer script.pbs però no s'envia. Modifiqueu scripts.pbs i tornar:
g03.pl -n 8 -q qdynamics7 test.dat ./

Perdoneu les molèsties.

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015