Visualització d'orbitals del programa Gaussian

Visualització amb MOLDEN

Per visualitzar amb MOLDEN els Orbitals Moleculars generats amb el Gaussian, el primer que hem de fer és especificar gfinput i pop=full a les opcions de càlcul. Amb pop=full podrem observar tots els orbitals. El MOLDEN tant a SCOTT com a SPOCK ens permetran obrir el fitxer de resultats qfi i observar els orbitals mitjançant l'opció Dens mode.

orbitals molden

figura 1. Orbital vist amb el Molden.

Es poden visualitzar els orbitals de diferents maneres, potser la més comuna és amb l'opció Space i jugant posteriorment amb la isodensity com es mostra a la fig. 1.

Visualització amb GaussView (32 bits)

Amb el programa GaussView també podem visualitzar els orbitals gàcies al checkpoint, i no cal especificar gfinput i pop=full. Carreguem el module del GaussView (module load gv_5.0) i executem el programa. Anem a File, Open i Checkpoint, posteriorment a Edit i allà seleccionem MOs. Només ens queda seleccionar Visualize en aquesta nova finestra.

orbitals gaussian

figura 2. Orbital vist amb el GaussVie 5.0.

IMPORTANT! Noteu que no cal usar la comanda formchk per visualitzar el checkpoint si es tracta d'un check de 32 bits.

Visualització amb GaussView (64 bits)

Com sabeu, el programa Gaussian 2009 (i la versió 2003 també) s'han instal·lat en 32 i 64 bits, sent la forma més eficaç de calcular usant les versions de 64 bits per a màquines Opteron o EM64T. Ara bé, els checkpoints que generem en 64 bits, són fitxers binaris, no poden ser llegits per les nostres versions de GaussView directament, atès que aquestes es tracten de versions de 32 bits. Ens donarà un error com el mostrat a la fig. 3. Aquí entra en joc la comanda formchk i tenir una màquina d'accés a usuaris de 64 bits com SPOCK.

orbitals gaussian

figura 3. Error GV, intentem obrir un checkpoint de 64 bits.

SPOCK, al ser de 64 bits, podrà transformar qualsevol checkpoint al format .fchk que és de text i potser llegit per màquines de 32 bits, com SCOTT i els vostres Desktops. Per tant, heu d'anar a SPOCK i fer:

module load g09_A.02_opteron (o bé module load g09_A.02_EM64T)
formchk kk.chk

Obtenim, per aquest exemple concret:
Read checkpoint file kk-64.chk
Write formatted file kk-64.fchk
Coordinates translated and rotated.
Coordinates match /B/ after translation and rotation.
Rotating derivatives, DoTrsp=T IDiff= 1 LEDeriv= 629 LFDPrp= 0 LDFDPr= 0.

Així obtenim el fitxer kk-64.fchk que volem visualitzar, per exemple, amb GaussView 5.0 (module load gv_5.0). Per veure els orbitals tornarem a fer File, Open, Formated checkpoint i després a Edit, MOs i en la nova finestra només cal seleccionar Visualize.

Heu de tenir present que els fitxers fchk són fitxers de text que podeu usar a qualsevol màquina sigui de 32 o 64 bits. Per altra banda, degut a algunes deficiències, és aconsellable visualitzar els orbitals a SCOTT, perquè depenent de la targeta gràfica a SPOCK podem tenir problemes.

Unitat de Química Física
Departament de Química
Edifici Cn.
Universitat Autònoma de Barcelona
08193 Cerdanyola
Tel. Departament: +34 93-581.1997
Fax Departament: +34 93-581.2477
Última actualització: 28/07/2015